再次，皇权与官僚权力还存在着组织制度上的紧张。王亚南（1981）从阶级分析角度讨论了官僚阶级的利益集团与皇权的矛盾冲突。这些矛盾也有其组织学渊源。由于国家治理的规模，皇帝的统辖权只能由官僚体制代为行使；因此，君主官僚制在实际运行中实行的是官僚制基础上的“分权制”。从韦伯意义上来考察，一方面，官僚制的合法性基础来源于自上而下的授权，但另一方面，官僚体制作为一个等级有序、稳定运行的组织，发展起其内在机制和规则制度来处理日常事务、应对危机和安身立命。皇帝不理朝，而官僚体制可以自行运转，维持王朝延续，正说明这一体制有其自身运作的机制。这些内在机制运作使得官僚过程与皇权利益分离，时常激化皇权与官僚权力之间的矛盾（孔飞力1999［1990］，黄仁宇2001b）。祝总斌（2006）的研究指出，历代官僚制度中发展出了各种制度规则对皇权的独断专行加以节制。例如，“在明代，表面上废去宰相，君主独断专行更加厉害，实际上发展的结果是，君主行使权力时在制度上受到的限制比过去更大，想要独断专行的困难更大了”（第36页）。在这个意义上，皇权面对着整个官僚体制的束缚与抵制。