如果市场可以提高效率，为什么会有企业组织存在？随后的交易成本学派进一步提出：如果正式组织可以提高效率、降低交易成本，那么，为什么整个国家的经济活动不能置放在一个大的正式组织之中？20世纪社会主义国家计划经济的失败即是明证。交易成本经济学理论指出，正式组织有其特有的交易成本，如协调成本、激励成本等等。随着社会的复杂化程度增加，管理成本和协调成本急剧提高，对复杂性组织或活动投资的边际回报递减出现拐点，导致崩溃性动荡（Tainter 1990）。组织学的大量研究工作指出了官僚组织运作过程所存在的各种问题：第一，有限理性常常导致组织目标、组织设计和激励机制等制度安排上的问题（Cyert and March 1963，March and Simon 1958）。第二，组织中的委托—代理关系，一方面造就下级官员的代理人角色，权、责、利分离，难以从长计议；另一方面，不对称信息导致拥有信息方（通常是下级政府）有着更大的“谈判”优势，致使其在实际运行过程中具有相对独立性（Jensen and Meckling 1976，Wilson 1989）。第三，组织基础上的稳定利益集团导致官僚制链条间的信息传递不畅，甚至失灵。因组织规模庞大，能力、忠诚诸方面信息微妙，中央政府很难实行有效的人事审核、监管和任命。