光绪三年十一月，罗定知州黄光周休致，杜凤治希望卸去南海知县后正式升补此职，巡抚张兆栋、布政使杨庆麟都表同意。但次年二月佛冈发生土匪抢劫事件，总督刘坤一奏报佛城失守，佛冈同知朱兆槐被参劾，总督、巡抚、布政使都要杜凤治署理佛冈厅同知办理善后。佛冈是苦缺，办理所谓乱事善后更要赔垫，杜凤治不愿意去，本来想立即告病，但其妻陶氏提醒说，“儿子均幼小，不能不忍气，过几年再说”，杜只好勉强赴任。其实佛冈乱事不大，没有多少事务需要善后，杜凤治很快就处理完毕。五月，杜凤治染上疟疾，六月回省城就医，上司委派别人调署佛冈厅同知。十月初三日（10月29日）杜凤治再次署理罗定州知州，十一月初十日（12月3日）接印。但他再任罗定后一切不顺。光绪五年四月，他上年七月所生的幼子病殇，接着他本人又被刘坤一撤任，四月二十七日（6月16日）新罗定知州范子昂来接印，八月，其子杜子榕（桂儿）病死。杜凤治想到自己来粤，一直仕途顺畅、家口平安，“顺风走了十五年，可云久矣，日不常午，月不常圆”，自己年已望七，身体日渐多病衰弱；其时张兆栋、杨庆麟先后丁忧去职（杨丁忧后不久去世），上司均已换人，不可再恋栈，产生了辞官归里的念头，但又未下最后的决心。在省城十个月，前思后想，终于在光绪六年三月上禀求退。在此后几个月内，杜凤治处理了南海任上部款7600余两等交代未清的事项，在九月初一日（10月4日）离开广州踏上回乡之途。