杜凤治于同治十年三月初六日（4月25日）接署南海知县，六月正式补授。南海是广东首府广州府的首县，一般也称为广东省的首县。杜凤治在第一次南海知县任期内以其才能得到总督瑞麟等省级高官的器重，当然，馈送、贿赂也起了重要作用，因此还算顺利，以至于很多同乡说，在广东的浙江人中杜凤治官运第一。当了两年多南海知县后，杜凤治因担心亏累以及按察使张瀛在缉捕问题上找他麻烦，主动要求卸任。瑞麟等高官曾挽留，但杜凤治去意坚决，得到上司的同意，并让他升任知州，署理罗定直隶州。杜凤治于同治十三年三月廿五日（1874年5月10日）交卸，因为南海是首县，交代事务繁杂，杜凤治在省城逗留了近两个月，到五月廿六日（7月9日）才到罗定州接印，一年九个多月后，于光绪二年三月十七日（1876年4月11日）交卸，回任南海。