卢梭这位出生在日内瓦的哲学家会经说过，基督教给它的教徒的心目中灌输了一种崇拜天上的王国的思想;这样一来,基督教就破坏了文明社会的统一，因为上述思想使基督教的信徒们与国家离心离德，犹如使信徒们对尘世间的一切事物沒有情一样。针对卢梭的这一说法,那个日内瓦牧师从基督的教义中引经据典有效地进行了答辩。但是波拿巴却猛烈挥击该牧师，说他不仅不懂得《社会契约论》，而且根本就没有读过卢梭的这本书。他冲着该牧师,引证了圣经中一些教诲人们要服从法律的经文，指责基督教把人们变成屈从于反社会的暴政的奴隶，因为教士们建立了对抗民事法律的另一种权威。至于基督教的新教，由于它造成教徒之间的分裂,从而破坏了公民的团结。他还论证说,基督教是世俗政府的敌人;因为基督教的目的是,用激励人们向往来世的办法来使人们对今世感到满足;而世俗政府的目标,则在于“济弱抑强,借以使人人能享受美好的安宁生活，这是走向幸福之路。”因此，他的结论是,基督教与世俗政府是完全对立的。