一统体制在实际运行中面临极大的挑战。首先，一统体制的一个重要机制是“政令自中央出”，即一统的政策部署是这一体制的核心所在，通过上述的组织和观念制度机制实现之，在日常生活中自上而下的指令巡视等活动中得以体现和强化。而一统决策权的特点必然是“一刀切”，这是一统体制的制度逻辑所致。不难想象，如果在制度上允许各地、各领域按其具体情况各自为政，免于自上而下的权力干涉，久而久之，中央权威的有效性和合法性难免式微，受到质疑，而一统体制也随之出现危机，“国将不国”了。但一统体制越是强化和具有刚性（例如，人事和资源权力上的向上集中，自上而下的政策部署），其政策制定过程就越有可能与各地具体情况相去甚远，从而削弱了地方政府“有效管理”的能力。在许多情形下，这种举国体制一以贯之的做法不仅代价昂贵，难以为继，而且常常诱发重大灾难，如“大跃进”和“文革”（Yang 1996，周飞舟2003）。国土之大，发展之不平衡，文化之差异，对一统的政策制定和实施实在是一个严峻的挑战。以21世纪初期中国大地为例：当城市业主维权方兴未艾之时，农村地区农户关注的是他们一年收获的价格走向；当成都平原上下“春江水暖鸭先知”，在土地开发上积极寻找着走出约束性政策的空间时，西北不发达地区则土地闲置、资金和人力资源匮乏，尚处在“春风不度玉门关”状态。在这里，一统的决策体制、各地面临的实际问题，以及基层政府解决问题的能力等制度匹配要素之间的差异极大，一统体制与有效治理之间矛盾凸显出来。