虽然朱元璋采取了严苛的宗教政策，但五显神在其推行的宗教版图中地位十分崇高：1388年，朱元璋在其新都南京城外修建了“十庙”，其中便有五显神的祠庙。一篇官府撰写的献辞指出，对于婺源百姓希望摆脱旱涝疫病灾害的祷告，五显神总是“随祷而应”。同时，它还用抽象的语言将五显神描绘为“妙万物而宰化元者”。如此一来，五显信仰成了被官府明确列入官祀的为数不多的民间信仰之一。然而，朝廷在15世纪20年代迁都北京后，未能继续向五显信仰提供积极支持。尽管明朝官员继续在南京城外的祠庙举行每年两次的祭祀典礼，但永乐皇帝及其继任者们对五显神兴趣不浓。朝廷的资助主要向真武、关羽、妈祖等神祇倾斜。